Ein 2D-Röntgendiffraktometer erfordert zur Gewährleistung der Genauigkeit eine sorgfältige tägliche Wartung. Zu den wichtigsten Aufgaben gehört die Kontrolle der Betriebsumgebung (Temperatur 15–25 °C, Luftfeuchtigkeit 20–80 %, staub- und vibrationsfrei). Die regelmäßige Reinigung des Probenhalters und der internen Komponenten ist unerlässlich, ebenso wie die Wartung des Kühlwasserkreislaufs, um Verstopfungen zu vermeiden. Röntgenröhren müssen nach längerer Inaktivität ordnungsgemäß konditioniert und in den Standby-Modus versetzt oder ordnungsgemäß abgeschaltet werden. Die Computerarbeitsplätze erfordern eine Datensicherung, und die Einhaltung strenger Sicherheitsvorkehrungen, wie z. B. das Vermeiden des Kontakts mit Berylliumfenstern und das niemals Überbrücken von Sicherheitsverriegelungen, ist von entscheidender Bedeutung.